フォルダ監視で使用する作業ファイルは、マイドキュメントの「WinReader PRO User data」フォルダに保存されます。しかし、大量のデータを連続して読み込みますと、作業ファイルがたまり、HDD容量を使い切るということが考えられます。
「WinReader PRO User data」フォルダの場所を変更することなどはできませんが、「操作設定」パネルの「フォルダ監視設定の処理終了後、画像リストから登録画像を削除する」にチェックを付けておきますと、認識処理が完了すれば、その都度、作業ファイルを削除しますので、HDDにデータがたまるということはなくなります。こちらをお試し下さい。