デスクトップフォルダの登録順を変更することはできません。
デスクトップフォルダは、フルパスでソートされて自動登録されます。
その為、同じドライブ（例：Cドライブ）にあるフォルダを登録した場合にはフォルダ名順での登録となりますが、異なるドライブ（例：CドライブとDドライブ）のフォルダを登録する場合には、フォルダ名順とはなりません。必ずCドライブのフォルダが先に登録されます。