下記作業をお試しください。
1.「OCR作業ファイルの保存」ダイアログ→「保存オプション」→「カラー画像を白黒に減色して保存」のチェックを外します。
2.いったん、そのまま保存を実行してください。
次回保存時から設定が有効になり、カラーのまま自動で保存されます。