下記設定をお試しください。

・認識前に、「認識属性」ツールバーの「データ区切り設定」ボタンをクリック（もしくは「文字認識」メニューより「データ区切り設定」を選択）します。「データ区切り設定」ダイアログが表示されるので、「文章領域の下線削除」のチェックを入れてください。その後、認識をお試し下さい。


・または、認識する前に、「画像修正」モードの「消しゴム」ボタンを使用し、手動で下線を削除してください。