段組の条件が「自動判定」になっていることが考えられます。
次の手順で段組の指定を「横一段」（または「縦一段」）に変更してから、認識枠を作成してください。

1.認識属性ツールバーの「段組指定」は初期値が「自動」になっています。この条件で、認識枠を作成すると、下図のようにいくつかの認識枠に分かれてしまう場合があります。


2.この場合は、認識属性ツールバーの「段組指定」ボタンをクリックし、メニューから「横一段」（縦書きであれば縦一段）を選択します。


3.段組指定のアイコンが変わりましたら、同じエリアをマウスで囲み、認識枠を再作成します。下図のようにひとつの認識枠が作成されます。