FormOCR・WinReaderHand Sは矩形枠を判断基準として帳票を認識します。
読み取った矩形情報をもとにテンプレートにあわせる作業を行なう際に、帳票の周りの黒い背景（汚れ）などがある場合、その黒い背景（汚れ）を読み取り、帳票全体に矩形があると認識し、上下が判断できなくなるケースがあります。

対処方法としては、スキャン時に帳票の端に黒枠または黒い背景（汚れ）が出ないよう スキャナの読み取りを調整します。
また、スキャナによっては「黒枠消し」といった機能を装備しているものもありますので、その場合はその機能を有効に設定してください。