「やさしくデジタルファイリング」を使って取り込まれたデータはすぐに登録されますが、それ以外のアプリケーションでフォルダ内にファイルを作成した場合は登録作業が必要となりますので、未登録のままになっています。
「表示」 メニュー→「最新の情報に更新」を実行してください。
また、「ツール」メニュー→「環境設定」ダイアログ→「表示」タブで「クリック時に表示フォルダを最新の情報に更新」にチェックを付けておくと、表示するフォルダをクリックした時点で最新の情報に更新されます。