下記の方法をお試し下さい。
●ファイルをインポートする場合
「ツール」メニューの「環境設定」を選択し、「ファイルのインポート」タブにある「書類方向を判別して自動的に回転する」にチェックを付けてください。


●スキャナからスキャンする場合
「ツール」メニューの「環境設定」を選択し、「スキャナからのインポート」タブにある「画像を回転する」、「書類方向を判別して自動的に回転する」にチェックを付けてください。